WebNov 21, 2024 · ChIPseeker is an R package for annotating ChIP-seq data analysis. It supports annotating ChIP peaks and provides functions to visualize ChIP peaks coverage over chromosomes and profiles of peaks binding to TSS regions. Comparison of ChIP peak profiles and annotation are also supported. Moreover, it supports evaluating significant …
Nature重磅推送 人工智能在生信、生物、医学、疾病重点研究!
WebOct 25, 2024 · 下载Chip-seq原始数据. 文献中提到,其原始数据上传在NCBI的GEO Dataset数据库中,编号GSE76861,在NCBI数据库中搜索到结果. 在 Samples 栏目下,可以看到其上传的所有数据(点击 More…. 来展开),其中. 为Chip-seq数据,我们使用aspera工具来下载,首先在 ebi 中找到相应的 ... WebOct 9, 2024 · CHIP-seq 全流程. 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等,而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下,基因的表达、调控和性状发生了 可遗传变化 的分子机制。也就是相同的DNA, RNA,蛋白质经过一定的修饰后会使 … higher level processing scam
R语言实现CHIP-seq数据分析 - 腾讯云开发者社区-腾讯云
WebAug 31, 2024 · ChIPseeker虽然最初是为了ChIP-seq注释而写的一个R包,但它不只局限于ChIP-seq,也可用于ATAC-Seq等其他富集peaks注释,也可用于lincRNA注释、DNA breakpoints的断点位置注释等所有genomic coordination的注释,另外提供了丰富的可视化功 … WebApr 10, 2024 · 进一步地,通过与传统ChIP-seq对标,本方法在检测组蛋白修饰H3K27me3水平上,具有接近的趋势、较高的相关性、以及相近的精度(图2)。在染色质复杂结构域pericentromeres区域,本方法具有优于短读长测序的检验精度。 图2 BIND&MODIFY与传统ChIP-seq相比,具有高度相关性 WebMar 11, 2015 · Summary: ChIPseeker is an R package for annotating ChIP-seq data analysis. It supports annotating ChIP peaks and provides functions to visualize ChIP peaks coverage over chromosomes and profiles of peaks binding to TSS regions. Comparison of ChIP peak profiles and annotation are also supported. Moreover, it supports evaluating … higher level points system